ステージクリアと47の強化
各ステージをクリアするとスコアが表示される。敵に発見された回数や、非ターゲットの殺害数など様々な要素がスコアに影響する。また、ステージには様々なチャレンジが設定されており、チャレンジをクリアすることでさらにスコアボーナスが加算されていく。得られたスコアによって報酬がアンロックされ、47の能力が強化されていく。
レベル選択
本作には5種類の難易度が存在する。初めてHITMANシリーズやステルスアクションを体験するプレイヤーから、HITMANシリーズのコアプレイヤーまで幅広いプレイヤーが思い思いに本作を楽しむことができる。
難易度の設定よってチェックポイントの有無や、インスティンクトゲージの扱い、敵の数や反応速度などが変化する。最高難易度の『PURIST』ではインターフェースすら表示されなくなる。ルールや細部、ステージ構成などを知りつくした最高の暗殺者のみに贈る究極のチャレンジだ。