物語の進行はミッション形式で進む。サリフ・インダストリー襲撃の真実と黒幕を突き止めるメインミッションの他に、サブクエストではオーグメンテーションを巡って二分される世界の行方や、アダム自身の謎に迫るエピソードが明らかにされる。
サブクエストは特定の人物との会話や、特定の場所に行くことで発生する。引き受けるか否かはプレイヤー次第だ。結果は成功、失敗の二択に留まらず、例え失敗であってもゲームオーバーになることはなく、その結果が物語のその後に影響を与えることもある。
また、会話には選択肢が現れることがあり、その選択によってその後の物語や登場人物との関係が変化することもある。
